只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos”,通称IS。因为IS的问世,性别平等被破坏,世界变成女尊男卑的社会。织斑一夏在高中的入学考试时误入IS操纵者育成学校“IS学园”的考试会场,并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏,被政府强制就读向来只有女性的IS学园